На современном этапе Мурманская таможня работает на уровне международных стандартов, используя в своей деятельности достижения информационных технологий, электронного документооборота, эффективного взаимодействия с другими контролирующими органами в рамках обновленного таможенного законодательства и образования Таможенного союза.
Регион деятельности таможни охватывает весь Кольский полуостров, в структуре таможни – 7 таможенных постов, из них 3 – пограничных автомобильных, 2 – в морских портах Мурманск и Кандалакша, 1 – в аэропорту Мурманск, 1 — внутренний. Номенклатура оформляемых экспортно-импортных товаров включает промышленное оборудование, чёрные и цветные металлы, продукцию морского промысла, продовольствие, продукция химической и машиностроительной промышленности.
Свой день рождения коллектив Мурманской таможни встречает на службе с кратким подведением предварительных итогов деятельности. По состоянию на 11 декабря таможней перечислено в федеральный бюджет 9 миллиардов рублей, оформлено 13,8 миллиона тонн экспортно-импортных грузов, 99% таможенных деклараций подано и оформлено в электронном виде. С января следующего года этот показатель составит 100%.
В текущем году Мурманской таможней возбуждено 1041 дело об административных правонарушениях и 24 уголовных дела.