Он признан виновным в совершении преступления, предусмотренного ч. 4 ст. 159 УК РФ «Мошенничество, совершенное организованной группой в особо крупном размере».
Следствием и судом установлено, что Якунин в период с марта 2008 года по декабрь 2009 года, действуя в организованной группе с должностными лицами ГУ «Управление капитального строительства Северного флота», уголовное дело в отношении которых выделено в отдельное производство, совершил хищение бюджетных денежных средств, выделенных по государственным генеральным контрактам подряда на строительство двух жилых домов для военнослужащих в городе Северодвинске Архангельской области, рассказали собкору Вестника СЗФО по Архангельску и Архангельской области в военном следственном управлении Следственного комитета Российской Федерации по Северному флоту. В результате государству причинен ущерб на сумму 38,3 миллиона рублей.
Решением Североморского районного суда Мурманской области Якунину назначено наказание в виде лишения свободы сроком на 3 года 6 месяцев с отбыванием в исправительной колонии общего режима.
Одновременно суд признал за Министерством обороны Российской Федерации право на удовлетворение гражданского иска в порядке гражданского судопроизводства.